突袭世界的大灾难“第二次(cì )冲击”后(hòu ),世界在(zài )废墟之上重建。14岁的少(shǎo )年碇真(zhēn )嗣被父(fù )亲碇元渡叫到第3新东(dōng )京市。本(běn )以为能(néng )见到父亲迎接的他,却见到名(míng )为“使徒(tú )”的巨大生物与军队交火。危急(jí )之下,特(tè )务机关NERV的葛成美里将真嗣救(jiù )下,并将(jiāng )其带往碇元渡所统领的NERV总部(bù )。但迎接(jiē )真嗣的,却是是父亲冷酷地命(mìng )令:驾(jià )驶称为“EVA”的巨大人型机器人与(yǔ )使徒战(zhàn )斗。